Udover daglige skift rundt i byen har Spider-Man hemmelige missioner for at kontrollere byboernes fred. Medlemmer af regeringen og forskellige organer. Sikkerhedsrelaterede lande. De henvender sig til en superhelt for at få hjælp i særligt vanskelige og vigtige sager, hvor almindelige mennesker ikke kan klare sig. I spillet Spider-man vs Robot finder du helten, der lige udfører sådan en særlig mission. Han skal infiltrere en hemmelig base, hvor terrorister af global skala har bosat sig og ødelagt det. Men tilgangene til basen er omhyggeligt bevogtet, og helten bliver nødt til at møde en hel flok robotter og zombier i Spider-man vs Robot.