I en fjern vidunderlig verden lever intelligente frugter. Ligesom dig og mig elsker de sport og arrangerer ganske ofte forskellige slags konkurrencer. Din karakter Vandmelon, som vil deltage i løbskonkurrencer. Du i spillet Watermelon Run 3d hjælper ham med at vinde dem. Foran dig på skærmen vil du se din karakter, som gradvist vil tage fart for at løbe langs løbebåndet. Ved hjælp af kontroltasterne bliver du nødt til at få din vandmelon til at løbe rundt om forskellige forhindringer, der er placeret på dens vej. Din helt bliver også nødt til at springe over huller i jorden og andre farlige områder på sin vej. Forskellige slags frugter vil blive spredt på vejen, som du bliver nødt til at hjælpe Vandmelon med at indsamle og få point for det.
