Mange berømte karakterer fra forskellige tegneserieunivers besluttede at forene og kæmpe for miljøet. Du i spillet Eco Empire vil slutte sig til dem i dette. I begyndelsen af spillet skal du selv vælge en karakter fra listen. Derefter vil din helt være i et bestemt område. Forskellige objekter vil blive spredt rundt om det. Du bliver nødt til at undersøge alt omhyggeligt. Brug musen til at samle skraldet og læg det i særlige skraldespande. Når du har ryddet området, får du mulighed for at forfine og dekorere det.