Svampe -riget har gennemgået en fremmed invasion. Fremmede robotter går langs perronerne og gaderne og truer alle indbyggerne med deres jernkløer. Mario er den eneste, der er i stand til at modstå aggressoren, han har allerede spist svampe, er blevet en stor Super Mario, bevæbnet med en hammer og sten og er klar til at kæmpe. Hjælp helten, han vil bevæge sig hurtigt nok, og du ved at klikke på de valgte knapper i nederste højre hjørne får ham til enten at kaste sten eller slå fjenden med en hammer. Det er bedre at kaste sten mod større robotter. Og for de små er et kraftigt slag mod hovedet i Super Mario Run nok.