I Mushroom Kingdom invaderede igen problemer, ukendte væsner i masker og klæder invaderede landet, og det er ikke mennesker, men tilsyneladende robotter, der er imod alle levende ting. De er godt bevæbnet, og våben er ikke jordbaserede. Men vores helt Mario er heller ikke en glip af Super Mario Mission Impossible. Han har en kraftig blaster, der skyder en dødelig laserstråle for sikkert at ødelægge usædvanlige fjender. Men der er kun en blikkenslager, og der er mange robotter, så skynd dig at hjælpe ham og ødelæg alle, der møder ham på vej. Helten vil konstant bevæge sig, og det er vigtigt ikke at lade fjenden komme for tæt på i Super Mario Mission Impossible.