Det er ikke nemt for en lille fisk at leve blandt kæmpestore fisk i havets dyb. I spillet Fish Eat Fish 2 inviteres du til at vælge en af de tre fisk og hjælpe hende med at overleve blandt giganterne. Hver fisk styres af forskellige typer nøgler, så spillet kan spilles alene, såvel som to eller tre. For at få fisken til at føle sig mere selvsikker, skal du tage på i højde og vægt. For at gøre dette skal du lede efter bytte blandt havlivet, som du kan fortære. Hun skal være mindre end din heltinde, ellers bliver hun selv mad. Bevæg dig mellem langsomt svømmende fisk, at fange mad og blive større. Og når din fisk bliver stor, går det hurtigere og nemmere. Selvom der altid kan være et større eksemplar i Fish Eat Fish 2.