En sød og munter pony er i problemer. Han faldt fra stor højde og blev såret. Du er i et nyt spændende spil. My Cute Pony Doctor bliver nødt til at hjælpe ponyen og helbrede ham. Foran dig på skærmen vil du se det rum, hvor ponyen skal være. Nederst på skærmen vil du se et kontrolpanel med forskellige elementer. Du skal bruge dem til at helbrede ponyen. Der er hjælp i spillet. Du vil i form af tips angive rækkefølgen af dine handlinger. Efter dem vil du tage genstande fra panelet og udføre forskellige handlinger med det formål at helbrede dyret. Når du er færdig, vil ponyen være helt rask og vil kunne gå udenfor igen.