En gammel dæmon brød ud af fangenskab og ødelagde sammen med en hær af sine håndlangere en menneskelig bosættelse i Japan. Den modige ninjakriger Kyoto besluttede at hævne sine slægtninge og ødelægge mørkets hær og dæmonen, der leder den. Du i spillet Shadow Ninja Revenge vil hjælpe ham i dette eventyr. Før du på skærmen vil være synlig for et bestemt område, hvor din karakter vil være placeret. Ved hjælp af kontroltasterne vil du guide hans handlinger. Din ninja vil løbe frem og samle forskellige nyttige genstande spredt over det hele undervejs. På hans vej vil der være forskellige forhindringer og fælder, som han bliver nødt til at springe over på løbeturen. Efter at have mødt en af modstanderne, vil din helt modigt skynde sig ind i kampen. Ved hjælp af et sværd og forskellige kastevåben bliver han nødt til at ødelægge fjenden.