Den modige ninja i dag skal trænge ind i fjendens lejr og ødelægge deres leder. Du i spillet Ninja Hands vil hjælpe ham i denne kamp. Foran dig på skærmen vil du se vejen, som din helt vil bevæge sig ad. På hans vej vil der være forskellige fælder og forhindringer, som han bliver nødt til at overvinde under din ledelse. Så snart du bemærker fjenden, skal du vælge et våben ved hjælp af et særligt panel, hvor ikoner vil være placeret. Ved at vælge for eksempel et sværd, vil du mødes i en duel med fjenden. Ved at slå bliver du nødt til at ødelægge fjenderne. For dette får du point i Ninja Hands-spillet, og du vil være i stand til at hente trofæer, der er faldet fra fjenden.