Udlændinge har invaderet byen, hvor en fyr ved navn Tom bor. De var på jagt efter mennesker. Du i spillet Tom's Adventure: Alien Invasion bliver nødt til at hjælpe fyren med at komme ud af byen og ikke blive fanget af rumvæsner. En bygade vil være synlig på skærmen foran dig. Din helt under din ledelse vil løbe fremad langs den. Se omhyggeligt på skærmen. På hans vej vil der dukke forhindringer og fælder op, som Tom bliver nødt til at omgå eller springe over på løbeturen. Hjælp fyren med at samle forskellige nyttige genstande og våben. Efter at have mødt en alien, kan du bruge et hævet våben og ødelægge fjenden.