Magical Dragons Difference vil tage dig til en verden, hvor magi og trolddom spiller en stor rolle. Her er ingen almindelige mennesker, for kun skabninger lever. Besidder forskellige grader af magiske evner. Blandt dem er et særligt sted besat af magiske drager. De minder meget om dinosaurer, men her betragtes de som drager og æres som hellige dyr. For nylig besluttede en troldmand at øge bestanden af drager, men noget med hans besværgelser virkede ikke, og dragerne virkede dobbeltgængere. De er ikke rigtige, men meget ens. Find forskellene mellem dem for at forstå, hvor er det virkelige, og hvor er produktet af magi i Magical Dragons Difference.