Den modige ninja fra Kyoto skal på instruks fra lederen af hans orden gå til de mørke lande og finde gamle artefakter der. Du i spillet Ninja vs Zombies vil slutte dig til ham i dette eventyr. Din helt bliver nødt til at gå gennem mange steder og overvinde forskellige farer. Horder af zombier strejfer rundt på de steder, som din helt skal kæmpe med. Går ind i kamp med dem, vil helten bruge forskellige våben. Ved at ødelægge de levende døde optjener du point, og du kan også samle trofæer, der falder ud af dem. Med de point, du får, kan du købe forskellige våben og ammunition til din karakter i spilbutikken.