En morgen vågnede Mario af, at noget forhindrede ham i at ligge på ryggen. Da han fandt nogle vækster, blev han temmelig bange og kom øjeblikkeligt til fornuft af frygt og løb hen til spejlet for at se. Hvad dukkede op bagved. Da han så de små vinger, blev helten overrasket og endda i første omgang ked af det i Flappy Mario. Men så, ved nærmere eftertanke, besluttede han, at evnen til at flyve ville give ham en masse fordele. Han skal ikke længere sørge for transport, han kan overvinde stien gennem luften meget hurtigere end på en motorcykel eller bil. Det er kun tilbage at lære at flyve, og du vil hjælpe ham med dette ved at gå ind i Flappy Mario-spillet.