Udseende bedrager ofte, hvis du ser på helten i spillet MR Bullet, vil du tro, at dette er en dejlig intelligent person i et pænt jakkesæt med et slips og en omhyggeligt stylet frisure. Han arbejder sikkert på et kontor eller er engageret i undervisningen, og du vil tage grusomt fejl. Faktisk er før dig en grusom, forsigtig og hensynsløs morder, der vil dræbe enhver for meget gode penge. Selvom han også har sin egen æreskodeks: han rører ikke kvinder og børn. Denne gang er hans ordre en yakuza-bande, der er dukket op i byen og forsøger at fordrive de lokale mafiagrupper. En af dem hyrede vores helt, og du vil hjælpe ham med at eliminere alle ninjaerne i MR Bullet.