Et sted i Sibirien er der et hemmeligt anlæg, der producerer våben, der kan skade menneskeheden. Det er nødvendigt at finde ud af, om dette er sandt, og at indhente beviser. Kun spioner kan gøre dette, og ikke almindelige, men agenter af højeste klasse. Det er dem, du vil møde i spillet Swap Spies. Deres navne er Emma og Emma, vær ikke overrasket, det er stadig ikke de rigtige navne på heltene fra den usynlige front. Men opgaven, de fik, er svær selv for dem, så heltene får brug for din hjælp. Før en af dem gennem labyrinten på hvert niveau. For at gøre dette skal du rydde stien for spionen, fjerne kasser fra stien og flytte dem eller helt ødelægge dem i Swap Spies.