Helten i spillet Ninja Assassin kræver, at han bliver kaldt ninja Assassin, selvom han i udseende ikke ligner en grusom og nådesløs morder. Derudover vil han gennem hele spillet ikke røre nogen med en finger. Hans opgave er at gå igennem og samle alle de gyldne stjerner. Du kan hjælpe ninjaen, hvis du logger ind i spillet. Før ham langs vejen, så han undgår bunker af sten, enorme fælder, der åbenlyst er sat for en bjørn og alle mulige mærkelige flerfarvede væsner. Enhver kollision med ovenstående objekter, både levende og ikke-levende, vil føre til afslutningen på ninja-kampagnen i Ninja Assassin.