Når du har brug for at infiltrere en genstand og ødelægge de kriminelle, der er på den, kommer et særligt Alpha-hold ind. Du i spillet Squad Alpha vil tjene i det. Foran dig på skærmen vil du se din karakter bevæbnet med forskellige skydevåben. Det vil være et bestemt sted. På afstand fra ham vil du se fjenden. Ved hjælp af kontroltasterne vil du kontrollere din helts handlinger. Du bliver nødt til at bringe ham til en vis afstand til fjenden og fange ham i rækkevidden for at skyde. Hvis dit sigte er præcist, så vil kuglen ramme fjenden, og du vil få point for dette i Squad Alpha-spillet.