En fyr ved navn Tom er glad for at løbe. Engang besluttede han at konkurrere i bykonkurrencer, men for dette skal han træne hårdt. Du i spillet Run Run 3D vil hjælpe ham med dette. Foran dig på skærmen vil du se vejen, langs hvilken din fyr gradvist vil tage fart. Se nøje på vejen. Ved hjælp af kontroltasterne får du din karakter til at løbe rundt eller hoppe over forskellige forhindringer i fart. På vejen vil du støde på guldmønter. Du skal sørge for, at din karakter samler dem alle sammen. For hver mønt, du henter i Run Run 3D-spillet, får du point.
