Landsbyen i Pixel Village Battle 3D var i en krigszone. Dit hold skal slå fjenden ud derfra. Du spiller for de blå, så rør ikke de kæmpere, over hvem det blå ikon rager - det er dine våbenkammerater. Røde er fjender, så snart du ser dem, skyd uden at vente på skud til gengæld. Spillet er multiplayer, så antallet af dine venner og fjender vil være vilkårligt, da spillere vil dukke op i spillet eller forlade spillet, hvis nogen ikke kan lide det, eller deres karakter bliver dræbt. Brug de mønter, du tjener, til at opgradere dine kræfter, evner og udstyr i Pixel Village Battle 3D.