En fyr ved navn Noob, der bor i Minecraft-verdenen, gik for at studere på Magic Academy på Faculty of Potions. Du er i Minecraft: Potion Craft-spillet for at hjælpe helten med at blive trænet. En lærer vil dukke op på skærmen foran dig, som giver dig en opgave. Du bliver nødt til at brygge visse potions. For at gøre dette har din helt brug for visse ressourcer. Du bliver nødt til at hjælpe helten med at få dem. For at gøre dette skal du besøge de forskellige steder, hvor disse ressourcer er placeret. For at få dem skal du følge anvisningerne, der vises på skærmen. Så snart alle ressourcerne er samlet, vil du brygge en potion og få et vist antal point for den i Minecraft: Potion Craft-spillet.