Indbyggerne i en lille japansk landsby bliver konstant undertrykt af den lokale aristokrat. En samurai, der rejste gennem Japan, besluttede at hjælpe dem. For at gøre dette bliver han nødt til at infiltrere en aristokrats ejendom og ødelægge det. Du i spillet Mini Samurai Kurofune vil hjælpe samuraien i dette eventyr. Din helt bliver nødt til at komme ind i godset, som er bevogtet af ninja-lejesoldater. De vil angribe din karakter. Du styrer handlingerne af helten vil kæmpe mod dem. Behændigt at svinge et sværd og bruge hånd-til-hånd kampteknikker, bliver du nødt til at ødelægge alle dine modstandere. For dette i spillet Mini Samurai Kurofune får du point. Efter fjendens død, saml trofæer, der vil falde ud af ham.