En fyr ved navn Tom arvede en lille fabrik, der var i tilbagegang. Vores helt besluttede at begynde at udvikle det. I Mega Factory-spillet hjælper du ham med dette. Din karakter vil være synlig på skærmen foran dig, som vil være placeret i en af fabrikkens lokaler. Den første ting, du skal gøre, er at løbe igennem det og se på alt omhyggeligt. Du bliver nødt til at samle guldmønter, der er spredt på gulvet i rummet. Så vil du sætte fabriksudstyret i drift. Hun vil begynde at producere produkter, som du skal pakke. Du læsser derefter produktet på en lastbil, der leverer det til kunderne. For dette vil du modtage penge. Du kan bruge dem på indkøb af nyt udstyr til fabrikken, råvarer til arbejdet og ansættelse af medarbejdere. Så gradvist i spillet Mega Factory vil du organisere arbejdet på fabrikken.
