Til komplekse og ansvarlige opgaver, hvor det er umuligt at skabe unødvendig støj, udpeges agenter med særlige færdigheder og evner. Sådan i spillet er Stealth Master 3D vores helt. Han forsøger ikke at bruge håndvåben, men klarer sig med sabler, knive, sværd for at handle lydløst uden at vække opmærksomhed. Før hvert niveau modtager du en opgave og skal fuldføre den for at få en ny. En agent på dette niveau bør ikke tage fejl. Snig ind i rummet, nærm dig en uvidende fjende og slå til. Hvis den vender om, og din helt er i det røde stråleområde, vil missionen mislykkes i Stealth Master 3D.