Mens vi bøvler på vores planet og ordner forholdet mellem lande, folk og endda mellem naboer, sker der globale ændringer i rummet med hensyn til omfordeling af indflydelse. Spillet Alien War giver dig mulighed for at gribe ind i konflikten mellem to store racer, og du vil tage parti for en af dem, som anses for at være mere udviklet og fredelig. Fjenden har dog også en stærk hær, han er rettet mod sejr og har kæmpet i mere end et århundrede. Din opgave er ikke at slippe fjendens skibe igennem ved at skyde dem direkte. Da der vil være mange af dem, skal du manøvrere, ændre højde og retning for ikke at komme under beskydning i Alien War.