Mario er ikke begejstret for Halloween, for normalt på dette tidspunkt aktiveres alle onde ånder i svamperigets vidder, og Bowser slipper alle sine håndlangere for at lave noget rod. I Super Mario Flash Halloween Version hjælper du Mario med at finde alle skurkene og afslutte dem ved at hoppe fra oven. Alle heltens venner og endda Luigis bror gemmer sig derhjemme og stikker ikke næsen frem, kun den modige blikkenslager er ikke bange for nogen. Og der er en grund til dette - det er dig, den adrætte spiller, der vil kontrollere helten og ikke lade ham begå en fejl i Super Mario Flash Halloween Version.