Runer spiller en stor rolle i forskellige magiske ritualer og ceremonier, men ikke alle kan læse skiltene og mestre dem. I The Runic Conjecture vil du og en stenblokkarakter flytte fra et sted til et andet og åbne en port. For at de kan åbne, skal du aktivere alle stenene med inskriptioner og kombinere dem til en. Find en sten med lysende runesymboler og start med den. Du skal finde en kombination, der gør det muligt for runerne at forbinde med de samme på andre steler. Der skulle dannes en kæde, der åbner låsen og åbner den i The Runic Conjecture.