Der blev skabt flere prototyper i Matrix, og en af dem, nummer 09435, viste sig at være den mest succesfulde. Dette er en digital dreng, der hurtigt begyndte at udvikle sig på en fantastisk måde, og snart ville han udforske omverdenen. Han fandt en måde at forlade matrixen og gik på vej til Prototype Guy. Skaberne besluttede ikke at blande sig med fyren, de beder dig om at hjælpe ham med at tilpasse sig og overvinde forhindringer. Det er nødvendigt at hoppe over skarpe pigge og firkantede robotter. Robotter kan i øvrigt ødelægges ved at hoppe direkte oven på dem. Hvis forhindringen ikke overvindes, vil helten starte forfra i Prototype Guy.
