Der findes såkaldte flyvefisk, men de svæver ikke i himlen som fugle, men kan kun springe op af vandet i kort tid. Spillets heltinde Flappy Fish er en almindelig klovnefisk, der befinder sig i en vanskelig situation. Hun besluttede at ændre sin dowsing, fordi der, hvor hun boede før, var det blevet meget værre. Vandet er tilstoppet, undervandsplanter udvikler sig ikke, alt dør og mad bliver stadig sværere at finde. Dette tvang fiskene til at gå på jagt efter et bedre liv. Men frygtelige forhindringer stod i vejen i form af ankre med lænker. Den stakkel har aldrig set noget lignende før. Du bliver nødt til at gå denne vej mellem skarpe ankre, og du skal hjælpe fiskene i Flappy Fish.