I de nuværende krige er der lagt vægt på moderne teknologi, og missiler af forskellig rækkevidde er af særlig værdi. De bliver mere og mere præcise og destruktive, og du bliver nødt til at kontrollere nogle af missiltyperne i Boom Missile 3D. Opgaven er at ramme målet på øen. Efterretninger rapporterede, og partisanerne justerede målet. Alt du skal gøre er at sigte missilet og manøvrere, da fjenden vil forsøge at skyde det ned på enhver måde. Alt, der flyver mod dig, er en trussel, selv harmløse balloner. Undgå og bevæg dig mod målet, indtil der opstår et stort bada-boom. På hvert niveau vil du ramme mål af varierende sværhedsgrad i Boom Missile 3D.