En fyr med superkræfterne Spider-Man gik for at tjene i udenlandsk efterretningstjeneste og blev en speciel agent som James Bond. Men han har ikke brug for et våben, han takler sine fjender. Det, der frigiver et net fra stævnen og vikler fjenden ind med det, hvilket immobiliserer ham fuldstændigt. I Mutant Assassin 3D hjælper du helten med at fuldføre missioner ved at eliminere uønskede fjendtlige agenter. Destruktionsmekanismen er enkel: du sigter den grønne cirkel mod den næste røde skurk og slipper nettet. Det vikler sig rundt om kroppen, og fjenden er besejret. På samme måde skal du samle bunker af penge, de skal indsamles for at fuldføre niveauet i Mutant Assassin 3D.
