Zombier bliver mere og mere opfindsomme i deres måder at erobre haven på. Denne gang i Stop Zombies har skumle zombier besluttet at overtage blomsterhaven, men blomsterne har besluttet at forhindre invasionen og beder dig hjælpe dem med at organisere deres forsvar og planlægge en vindende strategi. Placer blomster i bunden af skærmen ved at samle dem fra potten. Kombiner to identiske planter for at få en mere kraftfuld blomst, som du vil skyde ikke bare et frø, men flere på samme tid. Zombierne vil først frigive de svagere, men derefter vil et forstærket kontingent dukke op i Stop Zombies og skal modstås af stærke planter.
