Skoven er et sted, hvor folk går for at plukke svampe, bær, jage, købe træ og så videre. Nærliggende landsbyer lever af skoven, og hvis denne indtægtskilde forsvinder, lider folk. Det er præcis, hvad der skete i 99 Nights In The Forest- Battle Squads. Ukendte, men onde monstre er dukket op i skoven, og folk kan ikke gå ind i skoven på grund af faren for at blive spist. Jægerne besluttede at samle et hold til at kæmpe og ødelægge monstrene eller drive dem ud. Hjælp med at danne et hold og hjælp dem med at besejre monstrene. Efterhånden som kampen skrider frem, skal du vælge forskellige elementer: våben, beskyttende ammunition og så videre i 99 Nights In The Forest- Battle Squads.