Fabrikken til fremstilling af hemmelige materialer stoppede pludselig. Maskiner fungerer ved at bruge chips, og der er noget galt med dem i Link Me To The Factory. Alle chips skal forbindes i et kontinuerligt kredsløb, men i stedet er de spredt ud over overfladen og skaber ikke et kredsløb. Det er nødvendigt at returnere dem til deres plads og arrangere dem, så de udragende dele er forbundet med de tilstødende. Chipsene adskiller sig i farve og har deres egne karakteristika. Røde kan drejes, men kan ikke flyttes. Blå kan tværtimod ikke roteres, men kan omarrangeres i Link Me To The Factory.
