En dyster himmel med hængende skyer af en mærkelig farve, vandpytter af grøn mistænkeligt lugtende væske overalt, faldefærdige bygninger og ødelagte biler - det er alt, hvad der er tilbage af den engang aktivt arbejdende base i Toxic Arena: Biological Threat. Det viser sig, at hemmelige eksperimenter på menneskelig mutation blev udført på dets territorium. Da eksplosionen fandt sted, blev området forurenet, og mutanter brast til overfladen. For at lokalisere truslen og forhindre monstrene i at sprede sig i hele området, blev helten sendt for at eliminere dem i Toxic Arena: Biological Threat.
