De bobler, du vil manipulere i Bubble Merge-spillet, er slet ikke tomme. Der er forskellige ting indeni dem. For at fuldføre niveauet skal du lave de nødvendige elementer og fuldføre opgaven i øverste højre hjørne. Måden at implementere opgaver på er at fusionere. Vælg en boble med det ønskede objekt, peg den mod nøjagtig den samme for at ramme den. Boblerne vil kollidere og smelte sammen, hvilket resulterer i en boble med et nyt element indeni. Hvis han er i gang med en opgave, vil han straks gå til Bubble Merge for at fuldføre den.