Det klassiske bobleskydespil i spillet Bubble Invasion 3D vil blive transporteret ind i tredimensionelt rum, og boblerne bliver til flerfarvede bolde. De rykker snigende frem fra oven, og din opgave er at vælte boldene ved at skyde de samme bolde mod dem. For at opnå et skud ned, skal du affyre bolden, hvor du kan danne en gruppe på tre eller flere bolde af samme farve. Hele gruppen vil falde ned, og der vil være færre bolde i toppen. For at passere et niveau skal du skyde et vist antal bolde af en bestemt farve ned i Bubble Invasion 3D.
