Velkommen til den farverige undervandsverden i Fish Sort Puzzle. Der opstod en anomali: en masse luftbobler dannet under vandet, hvor fiskene befandt sig som fanger. Der er intet vand i boblen, og fisken kan dø. Det er nødvendigt at frigive dem så hurtigt som muligt, og ikke bare sådan, men ved at fordele dem blandt akvarier i overensstemmelse med farve. Hvert akvarium kan indeholde tre fisk af samme farve. Vælg fisk, tryk på dem, og fisken vises i spalten på det vandrette panel øverst. Når tre fisk af samme farve er samlet, vil de flytte til en tom tank i Fish Sort Puzzle.