I Half Life 2 Platformer møder du Gordon Freeman igen. Der er gået flere år siden ulykken under et eksperiment i et hemmeligt laboratorium, var helten i en tilstand af stase, hvorfra den mystiske Jemen bragte ham ud. Da han vågnede op, opdagede helten, at verden var blevet erobret af Alliancen - et interplanetarisk imperium, der ødelagde monstre fra planeten Zen, men erobrede planeten. Gordon har til hensigt at bekæmpe angriberne, men han har brug for allierede. I Half Life 2 Platformer hjælper du helten med at finde vej ved at flytte og kæmpe mod Alliancens soldater ved hjælp af en maskinpistol, en tyngdekraftspistol og endda et koben til nærkamp.
