En ulykke skete i et hemmeligt forskningskompleks i en af sektorerne nummer ni. Energiforsyningen blev afbrudt, hvorfor forsøget, der har stået på i noget tid, kan blive afbrudt, hvilket vil medføre uoprettelige konsekvenser. Helten i spillet Sector Nine: Lockdown gik for at rette op på situationen. Det er nødvendigt at genoprette energiforsyningen, men det er ikke let at komme til kilden; vejen er uventet blokeret af uhyggelige væsner. Du bliver nødt til at rydde din vej ved at bevæge dig, skyde og hoppe på platforme i Sector Nine: Lockdown
