Spillet Alien Quarantine foregår på et hemmeligt laboratoriums territorium, hvor der udføres eksperimenter på fangede fremmede væsner. En af rumvæsnerne formåede at slippe fri, han befriede de andre, og et reelt kaos begyndte i laboratoriet. Helten i spillet Alien Quarantine bliver sendt på rekognoscering, men står over for en farlig fjende. Han skal genoprette sikkerhedssystemet for at forhindre monstre i at bryde ind i andre sektorer. For at gøre dette skal du aktivere flere enheder, flytte og skyde, undvige fremmede angreb.
