Spillets heltinde Contra: Jungle Breach ved navn Mara er en tidligere lejesoldat, der trak sig tilbage, men ikke kunne hvile. Den tidligere kriger modtog en hemmelig mission, der kun kunne fuldføres med hendes erfaring. Et ukendt fly af ujordisk oprindelse blev registreret, der landede i junglen. Mærkelige væsner med tydeligt aggressive tendenser dukkede op fra det. Mara skal finde dem og ødelægge dem. Og du vil hjælpe hende ved at bevæge dig gennem junglen og ødelægge usædvanlige væsner i Contra: Jungle Breach.
