I spillet Jump Box Ninja kommer vi ind i den verden, hvor bokserne bor. Selv i denne verden er der en kaste af ninja krigere, vi vil lære os af en af dem. Denne kriger vil i dag gå gennem en dødelig forhindringsbane for at blive en kampsportmester. Du vil se din helt på skærmen. Fra forskellige sider vil hoppe ud skarpe spyd, som når slår i vores karakter bare dræbe ham. Du bliver nødt til at gætte øjeblikket og få tegnet til at hoppe. Således vil han flyve over farligt territorium, og du vil gå videre.
