En ond skurk har dukket op i Super Mario-verdenen. En blikkenslager ved navn Luigi besluttede at sende skurken til en anden verden ved hjælp af et magisk ritual. Men for at holde det behøver Luigi specielle guldstjerner. I Super Mario World: Luigi Is Villain hjælper du ham med at samle dem. Et bestemt område vises foran dig på skærmen, hvor din helt vil være placeret. Ved hjælp af kontroltasterne får du din helt til at bevæge sig fremad. Forskellige fælder og farlige væsner vises på hans vej. Hvis du styrer Luigis handlinger, bliver han nødt til at få ham til at hoppe over alle farerne. Så snart du finder en guldstjerne, skal du hente den og få point til den.
