Den munter og modige blikkenslager Super Mario besluttede i dag at hjælpe kongen og redde prinsessen, der blev kidnappet af den mørke tryllekunstner. Du i Super Mario Advance bliver nødt til at hjælpe ham med dette. Din karakter vil være synlig på skærmen foran dig, som vil være et bestemt sted. Ved hjælp af kontroltasterne får du ham til at løbe fremad og samle forskellige genstande og guldmønter spredt overalt. På din vej vil du støde på huller i jorden og forskellige slags fælder, som Mario under din vejledning bliver nødt til at springe over. Du vil også støde på forskellige monstre. Din helt kan dræbe dem, hvis han hopper på deres hoveder. For at dræbe hvert monster får du point.
