Den unge fyr Naruto betragtes som en af de bedste hånd-til-hånd-kæmpere. Ofte hjælper vores helt i kampe mod de mørke ninjaordrer. Så i dag bliver han nødt til at gennemføre en række missioner, og i spillet Naruto Ninja Council hjælper du ham med dette. Din karakter vil være synlig på skærmen foran dig, som vil være i et bestemt område. Ved hjælp af kontroltasterne får du din helt til at bevæge sig fremad. På vej vil komme på tværs af forhindringer og fælder, som Naruto bliver nødt til at omgå eller springe over i fart. Så snart du møder fjenden, begynder kampen. Du bliver nødt til at ramme fjenden med slag og spark samt udføre teknikker. Din opgave er at slå din modstander ud og få point for det.