Byen, hvor sikkerhed helt og fuldstændigt faldt på skuldrene af Spider-Man, blev pludselig den farligste for bybefolkningen i Spiderman Defend The City. Ukendte fly steg ned fra himlen, og skabninger væltede ud af dem. Svarende til mennesker, men iført beskyttende gule dragter, som om dette område blev anset for inficeret for dem. Folk i frygt gemte sig i deres huse og lejligheder, bange for at stikke hovedet ud, politiet og hæren havde ikke tid til at orientere sig og udvikle en plan for at afvise angrebet. Superhelten bliver nødt til at klare horder af ukendte væsner samt flyvende robotter foreløbig. Kun dig i Spiderman Defend The City kan hjælpe helten med at klare fjender.