Piraternes mål er gyldne piastre, og jo flere, jo bedre. En kæmpe fregat med et hold pirater om bord under Jolly Roger's flag flytter til en lille ø, hvor kister med guldmønter er skjult. Kaptajnen vil hente dem og trække sig tilbage og dele dem mellem besætningsmedlemmerne. Men da man nærmede sig øen, dukkede pludselig en underlig klynge af flerfarvede bobler Bubble Shooter Pirates 3 op, og piastre gnistrede imellem dem. Piraterne kunne slet ikke lide dette, og de besluttede at skyde bobler for at hente guldet. Juster din kanon og skyd. Hvis tre eller flere bobler af samme farve kommer sammen, springer de i Bubble Shooter Pirates 3.