En modig ninjakriger gik ind i et gammelt fangehul. Vores helt bliver nødt til at udforske det og samle alle de gyldne magiske mønter. Du i spillet Ninja Auto Run vil hjælpe ham i dette eventyr. Før du på skærmen vil du se et af rummene i fangehullet. Din helt vil køre på den med en vis hastighed. På hans vej vil pigge stikker op af jorden, forhindringer i forskellige højder og andre fælder. Når din helt løber op til disse farer, bliver du nødt til at få dem til at hoppe. På denne måde vil din ninja flyve gennem alle disse farer. Hjælp karakteren på vejen med at samle guldmønter, som du får point for i Ninja Auto Run-spillet.